在Barbarossa行動開始時，第6裝甲師是E. Gepner將軍的第4裝甲小組的一部分，而後者則是陸軍北方集團的一部分。 6月22日，第6輛坦克坦克越過Tilsit附近的蘇聯邊境（現在是加里寧格勒地區的Sovetsk市），並開始向立陶宛城市Raseiniai方向發動進攻。該師遭到兩個激進組織的攻擊 – 勞斯和澤克多夫，他們於6月23日成功跨越了r。杜比薩左岸有兩個橋頭堡。 6月23日，11點30分，紅軍第3機械化部隊的第2坦克部隊襲擊了Zekedorf集團的橋頭堡，清理了它並越過了Dubissu。起初，我們的部門取得了成功。在擊敗了德國第114機動團的部隊之後，蘇聯坦克佔領了Raseiniai，但很快就被撞倒了。 6月23日，這座城市四處傳遞。

應該特別注意的是，來自第6師的德國油輪產生了重型KV坦克的行動：“俄羅斯人意外地向Raseinia方向反擊南部橋頭堡。他們粉碎了第6個摩托車營，抓住了橋，向城市移動。為了阻止主要敵軍，第114個機動團，兩個砲兵師和第六坦克師的100輛坦克投入使用。然而，他們遇到了一個以前不為人知的重型坦克營。這些坦克穿過步兵並闖入砲兵陣地。德國槍的砲彈從敵人坦克的厚厚盔甲上彈開。 100輛德國坦克無法與敵人的20個無畏艦隊展開戰鬥並遭受損失。捷克坦克Pz.35（t）被敵人的怪物擊碎。電池150毫米榴彈砲的命運也一樣，直到最後一分鐘才開火。儘管有很多命中，即使距離200米，榴彈砲也不會損壞一個坦克。情況至關重要。只有88毫米的高射砲能夠擊出一些KV 1並使其餘部分撤退到森林中。

第二天，戰鬥以新的力量重新開始。 6月24日第4坦克集團總部的報告說：“重型坦克和敵人步兵的攻擊迫使第41坦克部隊的右翼進入防御狀態。

然而，第二個蘇聯坦克師的成功是短暫的。她獨立於主力部隊，很快就被包圍了。 6月25日，除了第6裝甲師之外，德軍指揮部還帶來了第1坦克，第36坦克和第269步兵師的戰鬥部隊。在6月25日至26日的夜晚和整個上半場，第二個坦克部隊的殘餘部隊突破了德國圍剿的前方。很少有人成功;大多數人死亡或被捕獲。

至於第6個德國坦克師，它與普斯科夫和奧斯特羅夫的第4坦克組的其他編隊一起進行。 7月至8月，她在盧加附近和遠離列寧格勒的路上進行了艱苦的戰鬥。到目前為止，由於敵對行動的強度很高，高達25％的部隊坦克僅因技術原因失敗。

1941年9月17日，第6坦克師被轉移到哥特將軍的第3坦克小組，在莫斯科推進。沿著Luga – Staraya Russa – Velikie Luki路線行進，該師加入了第3坦克組的部隊。然而，有理由懷疑這些信息的真實性 – 捷克坦克難以承受如此漫長的遊行，甚至在俄羅斯的道路上。基於此帳戶，最近在捷克資料中引用了其他信息。根據他們的說法，第6裝甲師通過鐵路被轉移到陸軍集團中心的進攻區，這似乎更有可能。

早在10月4日，Pz.35（t）坦克就進入了莫斯科的戰鬥。三天后，第六裝甲師的部隊進入Vyazma。然後，他們與第3坦克組的其餘部隊一起襲擊了加里寧，尋求從北方到達莫斯科。 10月14日，德國坦克抵達伏爾加河。在莫斯科進攻第二階段的框架內，第3裝甲集團擊敗了Klin和Solnechnogorsk對陣Dmitrov和Yakhroma。在進攻前夕 – 11月15日 – 第6師的第11裝甲團和第7師的第25裝甲團是德國人帶入科爾旅。這個決定是由創造一個強大的衝擊拳頭的需要決定的。由於損失很大，第11和第25團都沒有分別代表這樣的拳頭。第6裝甲師遭受了特別嚴重的損失，隨著霜凍加劇，捷克Pz.35（t）的失敗變得特別頻繁 – 氣動傳動控制系統凍結。

11月27日，第6坦克師的部隊進入克林，在莫斯科 – 伏爾加河運河上修建一座橋後，他們搬到了德米特羅夫。確實，這一運動仍然是短暫的 – 在11月29日，德國人被拋回了頻道。
12月5日，一場蘇聯反攻在莫斯科附近開始。在首都的北部，特別是在這些天與Klin敵人集團進行了激烈的戰鬥，這是基於第3坦克組的分裂。已經在攻勢的第一天，坦克支持的蘇聯滑雪營在第36和第14機動師的交界處突破了德國前線，並於12月7日中午出現在位於克林東北7公里處的沙爾將軍總部（第46坦克兵團指揮官）前面。參謀人員，信使和文士都抓住了他們的武器。來自軍團總部跟踪小組的三輛裝甲車，幾門20毫米自行高射砲和兩枚反坦克炮不停射擊。沙爾將軍自己躲在卡車後面，開了一把卡賓槍。到了晚上，第14個機動師的一個受傷的公司從破碎的前線抵達，並在總部所在的Bolshaya Shchapovo村附近佔據了位置。然而，已經在晚上他被轉移到Wedge。到了12月9日，德國指揮部明確表示，蘇聯第一次沖擊和30名軍隊正在努力圍繞第3坦克集團和所有其他德國軍隊在克林突出部分上作戰。四天后，希特勒同意撤軍，德國部隊沿著唯一沒有被蘇聯軍隊切斷的道路 – 通過克林。

這就是Shaal將軍在他的筆記中回憶起這一點：“紀律開始崩潰。越來越多的士兵在沒有武器的情況下前往西部，在繩索上引導小牛或用土豆袋拖著雪橇 – 他們只是向西走，沒有指揮官。沒人埋葬在空中爆炸中死亡的士兵。後方的分支，往往沒有軍官，淹沒了道路，而軍隊所有分支的戰鬥部隊，包括高射砲手，拼命地保持在前線。整個後勤支援專欄 – 除了那些有嚴格領導權的人 – 都在恐懼中向後方奮鬥。後方的一部分吞沒了精神病，可能是因為過去他們只習慣於不斷的攻擊和勝利。沒有食物，從寒冷中搖晃，完全混亂，士兵們向西遊行。其中有傷員，無法按時送到後方。自駕車輛的工作人員，不想在空曠的地方等待，當交通堵塞在道路上清理時，就去了最近的村莊。這樣一個艱難的時期還沒有落到坦克部隊的份額上。

韋奇迷了路。第3坦克組的前部挺直了。從北方瞄準莫斯科的坦克尖端變平了。德國分部的設備的人力和殘餘物，包括幾個Pz.35（t）6號坦克，移動了90公里並沿著河流佔據了位置。喇嘛。 1942年1月，他們在Zubtsov和Rzhev地區作為第9野戰軍模型的一部分進行了戰鬥。在這些戰鬥中，第六裝甲師我失去了我的最後一輛坦克 – 它的士兵變成了步兵和滑雪者。在該區域前方穩定後，該師被派往後方，在那裡重新裝備了德國製造的戰車。第一線Pz.35（t）的武裝部分不再使用，並被被佔領土的警察和安全部門使用。